デフォルトでは、ユーザーメニュー構成ファイルは同じ名前のシステムメニュー構成ファイルよりも優先します。たとえば、applications.menu ファイルがユーザーの $XDG_CONFIG_HOME/menus ディレクトリに存在している場合は、そのユーザーの「Applications」メニューを構成するために、そのファイルがシステムの applications.menu ファイルに代わって使用されます。この置換により、ユーザーは想定するすべてのメニュー項目にアクセスできないことがあります。この状況を回避するため、その他のメニュー構成ファイルと置換するのではなくマージするべきであることをメニュー構成ファイルで指定できます。このプロセスについては、以降のセクションで説明します。