Par défaut, les fichiers de configuration de menu ont la priorité sur les fichiers de configuration de menu du système du même nom. Par exemple, si un fichier applications.menu est présent dans le répertoire $XDG_CONFIG_HOME/menus de l'utilisateur, ce fichier est utilisé à la place du fichier applications.menu du système pour configurer le menu Applications de l'utilisateur. Ce remplacement peut empêcher l'utilisateur d'avoir accès à tous les éléments de menu qu'il peut attendre. Pour éviter cette situation, un fichier de configuration de menu peut spécifier qu'il doit être fusionné avec les autres fichiers de configuration de menu au lieu de les remplacer. Ce processus est décrit dans les sections suivantes.