ハードウェアカウンタプロファイリングは、SIGEMT シグナル (Solaris プラットフォームの場合) または SIGIO シグナル (Linux プラットフォームの場合) がターゲットへ配信された時点のデータを記録します。それによってシグナルを処理するための実行時間の拡大が発生し、呼び出しスタックが展開されます。クロックプロファイリングと違い、ハードウェアカウンタによっては、プログラムのさまざまな部分がその他の部分より高速にイベントを生成する場合があり、そのコード部分に実行時間の拡大が生じます。そのようなイベントを非常に高速に生成するプログラムの一部で大きなひずみが生じる場合があります。同様に、あるスレッドでは、ほかのスレッドと不均等にイベントが生成されるものがあります。